Comme toute installation de chauffage ou de régulation de l'air, les unités de climatisation demandent un entretien régulier, la plupart du temps à fréquence annuelle pour un système froid seul et deux fois l'an pour les systèmes réversibles, froid et chaud. Toutefois, un seul entretien annuel est souvent suffisant, pour peu que l'utilisateur prenne la peine de nettoyer environ tous les 3 mois les filtres et vérifie que l'unité extérieure n'est pas obstruée par des feuilles ou autres objets. Quant au nettoyage des filtres, il est très aisé et s'effectue simplement à l'aspirateur ou à l'eau claire.

Sur le plan du nettoyage des unités proprement dites, les modèles d'autrefois, qui comportaient des grilles sur leur face de ventilation, sont aujourd'hui de plus en plus souvent remplacés par des systèmes à façades plates, n'exigeant quasi aucun entretien.